闽南师范大学档案馆于2010年6月设立，于2019年学校机构改革后归入学校办公室。由分管校领导分管，校长负责，为充分发挥档案工作在学校建设和发展中的重要作用，学校要求各部门主要负责同志分管本部门的档案工作，各部门都建立部门档案员，部门档案员具体负责本部门日常工作中形成文件材料的收集、整理、移交归档工作，档案馆具体指导各部门、系、室的业务工作，目前共有专职档案工作人员3人，部门档案员42人，其中专职档案工作人员中具有副高级档案职称人员1人，中级档案职称人员2人，学历程度是1人为研究生学历，2人为大学本科学历。档案用房500平方米,其中档案库房面积360平方米。馆藏档案有 2个全宗，馆藏档案数量29500卷、文件资料26000多件。管理全校党群、行政、教学、科研、基建、设备、出版物、外事、财会、声像、实物等各种门类和载体的档案。学校档案馆的前身是综合档案室，原综合档案室于1989年成立，隶属于校党院办，属正科级建制。原综合档案室于1990年获得福建省省直机关甲级档案室称号，于1997年获得福建省一级档案管理单位。2006年2月学院综合档案室平闽同志被福建省档案局授予2002--2004年度福建省档案工作优秀工作者荣誉称号。闽南师范大学被福建省高等教育学会档案专业委员会评为2014-2021年连续8年福建省高校档案宣传信息工作先进单位。2021年11月档案馆林建洪同志被福建省档案局评选为第二届福建省“档案专家”称号。